Можно только догадываться, что сказал врач.
Вариант 1. Все слова принадлежат врачу.
А. Врач сказал, что больному нужен покой и мы должны выйти из палаты.
Б. Врач сказал, что больному нужен покой и, если мы не хотим тревожить его, должны выйти из палаты.
В. Врач сказал, что больному нужен покой, и если мы не хотим тревожить его, то должны выйти из палаты.
Вариант 2. Не все слова принадлежат врачу.
А. Врач сказал, что больному нужен покой, и мы должны выйти из палаты.
Б. Врач сказал, что больному нужен покой, и, если мы не хотим тревожить его, должны выйти из палаты.
В. Врач сказал, что больному нужен покой, и если мы не хотим тревожить его, то должны выйти из палаты.
Мы видим, что варианты В одинаковы. Точно ответить на вопрос, что сказал врач, по этому предложению нельзя. Смысл восстанавливается из контекста. Если для автора этот вопрос принципиален, нужно оформить текст по-другому.