Думаю, что так говорить не следует. В применении к людям "идентификация" обычно означает установление личности, опознание, принадлежность человека к группе и т. п. - на основании сопоставления выявленных признаков с известными. В вашем случае чисто формально можно сказать "его ошибочно идентифицируют как меня", "его дела почему-то ассоциируют (связывают мысленно) со мной". Для глагола "идентифицировать" (а он иностранного происхождения и сохраняет некоторые особенности связывания с другими словами) характерно либо отсутствие уточняющих слов (останки идентифицировали = уже известно, чьи), либо указание, в каком качестве, "как кто (что)" был идентифицирован человек или напр. находка (аналогично английскому 'to identify smb./smth. as...'). Идентифицирован как Сидоров, как агент саудовской разведки и т. п. Поэтому "его идентифицируют со мной" может прозвучать как "его опознание проводят с моим участием" и надёжнее обойтись без канцеляризмов, сказав "его путают со мной (принимают за меня)".
P.S. По типу грамматических связей этот глагол близок к "классифицировать", что может послужить ориентиром в неясных случаях.
В описи предмет был классифицирован как "ювелирное изделие в форме яйца", позже его идентифицировали как "яйцо Фаберже, подаренное императрице Николаем II в 19xx году".
