Правильно: Тысячи жителей города встречали войска освободителей.
Здесь нежелательна инверсия подлежащего и дополнения, так как их формы (И.п. и В.п) совпадают. В результате неясно, кто кого встречал.
Правило Розенталя: 180. МЕСТО ДОПОЛНЕНИЯ В ПРЕДЛОЖЕНИИ
- Прямое дополнение, совпадающее по форме с подлежащим, ставится, как правило, после сказуемого, например: Мать любит дочь; Весло задело платье; Лень порождает беспечность; Суды защищают законы. При перестановке подлежащего и дополнения меняется смысл предложения (Дочь любит мать; Платье задело весло) или возникает двусмысленность (Беспечность порождает лень; Законы защищают суды). Иногда в подобных случаях инверсии сохраняется нужный смысл, вытекающий из лексического значения названных членов предложения (Велосипед разбил трамвай; Солнце закрыло облако), но правильное понимание таких предложений несколько затрудняется, поэтому рекомендуется или сохранять прямой порядок слов, или действительный оборот заменять страдательным (Велосипед разбит трамваем; Солнце закрыто облаком).
Источник: http://rus-yaz.niv.ru/doc/rules-rosental/articles/180-mesto-dopolneniya-v-predlozhenii.htm