Для начальника очевидно, что отделу нужен не новый сотрудник, а качественное обучение[,] и тогда отдел будет работать эффективнее.
Запятая ведь не ставится, верно?
После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится (т. е. последний однородный член не обособляется)
Для начальника очевидно, что не нужно нанимать нового сотрудника, а нужно внедрить качественное обучение[,] и тогда отдел будет работать эффективнее.
Но вот здесь запятая ставится, т.к. союз а соединяет однородные придаточные