В данном случае «невыгоден» пишется слитно.
Это краткое прилагательное.
Не с краткими прилагательными пиши, как с полными: дорога нелегка
(трудна, тяжела) = дорога нелёгкая (трудная, тяжёлая).
Пиши не с краткими прилагательными раздельно, если полная форма не
употребительна: не рад, не должен, не горазд, не намерен.
[russkiy-na-5.ru]
Если рассмотреть полное прилагательное «невыгодный».
Слитно пишется не с именами прилагательными, которые не лишаются при
этом утвердительного смысла, а лишь приобретают противоположное
значение. Такие прилагательные имеют синонимы без не:
невеселый (грустный), неглубокий (мелкий), недружелюбный (враждебный), неплохой (хороший); ср.: На берегу их провожали две фигуры небольших (маленьких) людей: Федератовна и Умрищев (Плат.); Матвей очень дивился тому, что у Димы оказался такой непостоянный (изменчивый) характер (Кор.); Утро оказалось неудачное (Наб.); Еще фараоны знали секрет повиновения: чтобы держать народ в страхе, карай не виновных, карай невинных (из газ.).
[gramma.ru]
Это высказывание является утвердительным — утверждается отсутствие выгоды, а не отрицается её наличие.
В данном контексте можно заменит на антоним «убыточный».
«С экономической и зоотехнической точки зрения этот вид случки убыточен, так как приводит к неэкономному расходованию энергии хряка…»
Правильно: «…с экономической и зоотехнической точек зрения…»
Потому что подчёркивается наличие двух разных точек зрения.
- Имя существительное ставится в форме множественного числа:
если подчеркивается наличие нескольких предметов, например:
московский и горьковский автозаводы; биологический и химический методы; академическое и массовое издания произведений классиков, широкоэкранный и обычный варианты фильма; марганцевая и хромовая руды; соляная и серная кислоты; кузнечно-прессовый и сборочный цехи; золотая и серебряная медали; гидроэнергетическая и оросительная системы; токарный и фрезерный станки, ходовая и боевая рубки крейсера; овечья и телячья шкуры, разрыв между первым и последним гонщиками, встречи с болгарской и польской футбольными командами; участники гражданской и Великой Отечественной войн.
[Розенталь]
Сравните:
Даже не буду пытаться изображать беспристрастность: к чешской марке у меня самое трепетное отношение и с клиентской, и с профессиональной точек зрения…
spb.ru
Описать феномен стволовой клетки с научной и обывательской точек зрения.
[ppt4web.ru]
Оbuhova L.F. (2003), Проблема старения с биологической и психологической точек зрения (Problems of eldering from biological and psychological point of view), “Психологическая наука и образование” no. 3
[jecs.pl]