Знамени - это суффиксальный способ образования слова или просто форма родительного падежа?
Покачивал - это суффиксальный способ или опять же форма одного и того же слова, просто поменяли вид?
При образовании нового слова меняется лексическое значение. Суффикс -ЕН- у разносклоняемых существительных образует не новое слово, а формы косвенных падежей. Глаголы разных видов считаются разными словами. Вид - постоянный признак глагола. Подкачать и подкачивать - разные слова.
Слово "покачивал" - образовалось суффиксальным способом от н.ф. "подкачивать"
Насчет знамени - согласен, никак не отдельное слово, а вот пламя и пламень благополучно сосуществуют как разные слова, хотя имеют общие формы косвенных падежей. И в этом случае без специальной оговорки трудно было бы сказать, что имеется в виду...