Я говорю "да"(,) после чего кладу книгу на столик.
Нужна ли запятая, или она поглощается?
Я говорю "да", после чего кладу книгу на столик.
В этом предложении запятая ничем не поглощается. Кавычки никаким образом не могут отменить её постановку.
Из вопроса № 303283 на Грамоте.ру:
Он бросил сухое "привет", после чего сразу перешёл к делу.
Ответ справочной службы русского языка
Предложение оформлено верно.
Можно оформить и так (с прямой речью):
Я говорю: "Да", после чего кладу книгу на столик.
Да — это утвердительный ответ. Твёрдое, удивлённое, недоверчивое "да". Получить в ответ да.
Кавычки обрамляют слово "да", запятая стоит между однородными сказуемыми — никакие знаки не съедаются.
Подобные предложения есть в правиле Розенталя (разъяснения, правда, даются по другому поводу):
1. Точка, запятая, точка с запятой, двоеточие и тире ставятся только после закрывающих кавычек: Одни голосовали «за», другие «против», но первые составляли большинство; Хватит с меня ваших «но», я ими сыт по горло...
Когда меня журналисты спрашивают о знакомстве со Спиваковым, я говорю "нет", потому что невозможно снова и снова повторять одно и то же... (Сати Спивакова. Не всё).