Сейчас мне лучше: я прочел последнюю главу и мысли мои прояснились.
Я полагаю, запятая ставится, ибо можно подставить союз "чтобы".
Не ставится.
У СПП две основы: я прочёл и мысли прояснились. Но есть общее: мне лучше, относящееся к обеим основам.
Это общее и отменяет запятую.
- если части сложносочиненного предложения имеют общее вводное слово, общий обособленный член или общую, поясняемую ими, часть сложного предложения: Словом, время уже истекло и пора было уходить; Вопреки предсказаниям синоптиков, небо уже прояснилось и дождь перестал; Было у Анны необъяснимое ощущение: еще чуть-чуть и вся эта история кончится (Щерб.); Останавливаться было нельзя: ноги засасывало и следы наливались водой (Пауст.).