Как лучше построить фразу?
Больше, чем из пяти тысяч участников...
или
Из больше, чем пяти тысяч участников...
Или есть еще какой-то вариант?
Второй вариант в принципе невозможен, предлог в русском языке не должен отрываться от существительного у (нас - от числительного). Первый в принципе допустим, но строго литературно: "Более чем из пяти тысяч".
А что - "из пяти тысяч"? Собрание, демонстрация? Или - было отобрано какое-то число "из"? Если просто о количестве участников, то лучше, на мой взгляд, элементарное "Больше пяти тысяч".