А что они ожидали от тех, кто может бегать, как гепард(,) и при этом свободно стрелять из винтовки?
Как я понимаю, в данном случае придаточные относятся к «может», поэтому запятая не нужна.
В этом предложении одно придаточное:
А что они ожидали от тех, кто может бегать, как гепард, и при этом свободно стрелять из винтовки? (Составное глагольное сказуемое с однородными членами, соединенными союзом: может бегать и стрелять.)
Если мы обособляем сравнительный оборот, то, независимо от количества придаточных и наличия общего члена, запятые должны стоять с обеих сторон, кроме случаев, когда «нужно показать, к какой части предложения он [сравнительный оборот] относится: Я почувствовал на моих волосах прикосновение слабой, как лист дрожавшей руки (Т.) — ‘дрожавшей, как лист’, а не ‘слабой, как лист’...» (Розенталь, Сравнительный оборот, пункт 3, Примечание).
Еще один вариант постановки знаков препинания:
А что они ожидали от тех, кто может бегать как гепАрд и при этом свободно стрелять из винтОвки?
Мне кажется важным выделить ударением два однородных сказуемых в составе придаточного предложения. В этом случае сравнительный оборот является обстоятельством образа действия (= бегать очень быстро, тесно примыкает к первому сказуемому и не обособляется.
Примечания
Это СПП с придаточным местоименно-определительным, связь местоименная, местоименная пара "от тех, кто (= которые)".
В первом варианте другая постановка ударений: А что они ожидали от тех, кто может бЕгать, как гепАрд, и при этом свободно стрелять из винтОвки?
Ударением выделено и первое сказуемое, и обособленный сравнительный оборот. Тогда второе сказуемое приобретает присоединительное значение.
Поэтому здесь авторский выбор варианта.