Й — буква, которой в русском письме обозначались в разных случаях два совершенно разнородных звука.
Из Большой Советской Энциклопедии:
В системе русского письма Й обозначает неслоговой гласный (отнюдь не согласный среднеязычный фрикативный «j», с которым его часто неточно сопоставляют).
Трёхтомная «Грамматика русского языка»:"В ряде случаев буквы Е, Ё, Ю, Я обозначают сочетания согласного «й» с последующими гласными", а выше этого несколькими строками столкнуться с распределением русских фонем на 6 гласных и 41 согласную, причем в ряду этих последних обнаружится и «й».
В одних случаях, когда мы встречаем букву Й в словах «мой», «твой», «май», «чай», она выражает краткий неслоговой гласный «й»(иногда его называют полугласный), в других же — ну, скажем, в имени английского графства Йорк или арабского государства Йемен — передает бесспорный согласный «йот».
Таких слов немного. В БСЭ их всего 59. Шесть из числа географических названий СССР (нерусских), 53 — относятся к зарубежным топонимам или понятиям, заимствованным из чужих языков.
Из всех перечисленных русских букв Й в некотором роде «Иван, родства не помнящий». В кириллице никакой буквы Й не было. Её ввели в употребление только в 1735 году. При этом до самой революции буква Й была каким-то полупризнанным знаком. Ни в «Толковом словаре» В. Даля, ни в «Энциклопедическом словаре» Брокгауза и Эфрона, естественно, нет такого раздела: «Слова на букву Й». У Брокгауза за названием сибирской речки «Iя» сразу же следует буква «К».
http://uchitel-slovesnosti.ru/publ/uvlekatelnoe_jazykoznanie/interesno_o_bukvakh/bukva_j/89-1-0-1685
Лопатин закрепил написание Й после гласных в конце слова или перед согласными (май, елей, кий, рой,тайна, лейка),но звуки, ей обозначаемые, не разграничил. Может, чтобы не путать обычных граждан, нефилологов.
Перед гласной буква й пишется только в следующих случаях:
Если буквой й кончается первая часть сложносокращенного слова, а вторая начинается с гласной, напр.: райадминистрация, крайизбирком, стройиндустрия, стройотряд, райуполномоченный.
А дальше пишет уже о йоте:
В ограниченном круге слов иноязычного происхождения, в том числе в собственных именах, й пишется перед о в начале слова или после гласных: йог, йога, йогурт, йод, йомен, йоркширы (порода свиней), йот, йота, йотация; койот, майолика, майонез, майор, майорат, район; в собственных именах:Йорк, Йоркшир, Йошкар-Ола, Йорик, Иоганнес, Йорген, Йокосука; Айова, Вайоминг, Вийон, Лойола, Огайо и др.
В некоторых словах иноязычного происхождения буква й пишется перед буквами е, ю, я, и, напр.: вилайет, дуайен, фойе, стайер, конвейер, фейерверк, кикуйю (народность), аллилуйя, вайя, майя, маракуйя, папайя, паранойя, тупайя; секвойя, секвойи, секвойе, секвойю; в собственных именах: Йемен, Йена, Йенсен, Йейтс, Йеллоустонский, Мейерхольд, Рамбуйе, Хейер-дал, Йёринг, Байер, Йиглава, Майя, Байярд, Вайян; Гойя, Гойи, Гойе, Гойю.
А вообще-то йот прячется в Е,Ё,Ю,Я.
История буквы хорошо описана в Википедии, почитайте.
Буква Й обозначает палатальный аппроксимант [j] (так называемое и неслоговое) и близкий к нему звонкий палатальный фрикативный согласный [ʝ] (перед ударным гласным). В украинском и болгарском языках сочетание йо используется в начале слов и после гласных вместо отсутствующей в них буквы Ё.
Знак Й происходит из церковнославянской письменности XV—XVI веков, представляя собой сочетание буквы И и заимствованного из греческой письменности знака краткости — бреве, однако несколько видоизменённого.
Строгое фонетическое разграничение начертаний И и Й возникло в печати начала XVII века; в ходе «книжной справы» времен патриарха Никона оно перешло в московские издания церковнославянских книг (вторая половина того же века) и используется поныне.