Возможно, Вам, Матвей, следует использовать собирательное числительное "трое".
§ 165. Употребление собирательных числительных
І. Собирательные числительные двое, трое, четверо (остальные ... При слове часы (прибор) употребляется собирательное числительное (одни часы, двое часов) ...
Тогда фраза будет звучать следующим образом: "..всё имущество местных иезуитов состояло из простейшей мебели, нескольких подушек, подсвечников и троих часов".
(Хотя, если честно, мне такой вариант не очень нравится. Может быть, есть смысл перенести злополучные "часы" и начать с них ряд однородных дополнений?)