Я бы сказала, что "в транспорте" — разговорное выражение (тогда уж в общественном транспорте или в транспортном средстве), а нормативное одно - на транспорте.
В словарях находим:
Реклама на транспорте — разновидность рекламы, достигающая миллионов людей, которые пользуются общественным транспортом. Бывает трёх видов:
- внутрисалонные рекламные планшеты, постеры в общественном транспорте;
- наружные рекламные планшеты, размещаемые на задней, передней частях, а также на боковых сторонах транспортных средств;
- станционные плакаты, размещаемые на станциях, остановках общественного транспорта и вокруг них.
Источник