Тут 2 предложения. Но почему в 1-м есть запятая, а во 2-м нет?
Мы видим, что 1-е «и» без запятых, т. к. тесно связаны однородные.
Было тихо и темно, и сладко пахло травами.
Он хорошо сложен и крепок и красив старинной русской красотой.
Не буду ничего выдумывать, просто приведу отрывки из правил, в которых эти предложения используются в качестве примеров.
ПАС под редакцией Лопатина (§ 26. Знаки препинания при однородных членах предложения с союзами и без союзов):
Примечание. Не следует путать повторяющийся союз и и союзы и, поставленные на разном основании: Было тихо и темно, и сладко пахло травами (первое и стоит между однородными частями главного члена предложения, а второе и присоединяет часть сложного предложения).
Справочник Розенталя (§ 87. Однородные члены, соединенные повторяющимися союзами):
Примечание. Не ставится запятая, если два однородных члена с союзом и между ними образуют тесно связанную по смыслу группу, соединенную союзом и с третьим однородным членом, например: Вода давно сбыла в Тереке и быстро сбегала и сохла по канавам (Л. Толстой) (сбегала и сохла образуют парную группу, имеющую общий второстепенный член по канавам); Чувствовалось, что он хорошо сложен и крепок и красив [sic] старинной русской красотой (Фадеев) (парную группу образуют первые два сказуемых)...
Теперь мое примечание. Вполне возможно, что разъяснения не совсем понятны, потому что в тексте правил в предложении вместо тесно связанных "сложен и крепок" ошибочно выделены жирным курсивом и крепок и красив (логика: невозможно быть крепким "старинной русской красотой" — можно быть только красивым).
Потому что в первом случае сложное предложение, а во втором — простое.