Не знаю я ни греческого языка, ни латыни, но путем долгих поисков обнаружилась следующая информация (думаю, в источниках, заслуживающих доверие).
Л. Г. Чернявская, "Латинский язык" (стр. 20—21):
В словах, состоящих из трех и более слогов, ударение падает на второй слог от конца слова, если гласный в этом слоге долгий. Ударение падает на третий слог от конца слова, если гласный во втором слоге от конца слова — краткий. Нужно помнить правила долготы и краткости гласного в предпоследнем слоге слова, состоящего их трёх и более слогов.
Nota bene! Слог, за которым следует один согласный, может быть и долгим, и кратким. В этом случае долгота или краткость гласного предпоследнего слога определяется при помощи словаря, где долгота гласного условно обозначается надстрочным знаком (ā), а краткость — (ă).
Т. Г. Шавырина, "Латынь. Учебник для ветеринаров" (Ударение в сложных однословных терминах):
В русском языке латинские термины греческого происхождения сохраняют исконное ударение, например: ветерина́рия — veterinа́ria; ме́тод — mе́thodus.
Amygdăla (лат.) — миндаль.
Считается, что слово amygdala пришло в латынь из древнегреческого языка (ἀμυγδάλη), и уже потом оно было заимствовано рядом европейских языков.
В нашем слове предпоследний слог краткий, поэтому предполагаю, что ударение все-таки нужно ставить на "и": ами́гдала.
