Пунктуация в Вашем предложении правильная.
Понимая — это действительно одиночное деепричастие, которое обособляется на общих основаниях (одиночные деепричастия выделяются запятыми независимо от места в предложении, за исключением тех, которые тесно связаны со сказуемым).
За деепричастием следует придаточное предложение (понимая что?).
Единственное, что бы я сделала, — поменяла время глагола "разрушать" (прошедшее на настоящее).
Водолазы начали торопиться, понимая, что изотопы разрушают их тела.
Он торопился закончить свой труд, понимая, что может быть арестован в любой момент (В. И. Сталин. От отца не отрекаюсь!).
Михеев торопился, понимая, что Ерожин его ждет и злится (А. Анисимов).
P. S. Есть случаи, когда деепричастие не выделяется запятыми.