У Горького - Сатин и Бубнов.
Ударения в фамилиях определяется носителем (обычно - по семейной традиции), никакие иные "правила" не могут быть приняты во внимание как аргумент.
С героями пьес - сложнее. Ударение в них определяет автор, но это не всегда соблюдается. Поэтому некоторые авторы (Гоголь, например) даже проставляли ударения в рукописи.
Впрочем, в отношении героев классических пьес, впервые поставленных еще при жизни автора, подобных проблем обычно не возникает. Традиция закрепляется с первой же постановки.
В случае с героями "На дне" правильными считаются ударения Сатин (тут просто трудно представить иное) и Бубнов (см. видео http://tvkultura.ru/video/show/brand_id/58203/episode_id/1040988/video_id/1031064/ - примерно 11:38)/
В отношении этимологии. Говорить об этимологии фамилий конкретных героев пьесы не приходится, они выдуманы автором. Причем для Горького использование "говорящих" фамилий (с намеком на происхождение или какое-то качество героя) в целом не характерно, скорее всего это просто случайный, чисто фонетический выбор автора.
Что же касается фамилий вообще, то тут можно более или менее сформулировать этимологию.
Сатин - возможно от дворянского рода Сатиных, этимология туманна, чаше всего возводят к личным именам Сатурн, Сатир, Саторнил, Сатурин и т.п, но недостоверно, эти имена были редкими, а носителей фамилии множество.
http://www.okorneva.ru/proishojdenie--familiy-kamyishlovskogo-uezda-slovar-uralskih-familiy/satin/
Куда вероятнее - от распространённого имени Евстрат, Евстратий.
И даже что-то тюркское не исключено.
Бубнов - от бубнить или бубен (это родственные слова, я их не разделяю, но второе вернее - с учетом варианта "Бубенцов"), к карточной масти вряд ли имеет отношение, совсем не характерно для русских фамилий. Вариант бубен = нищий не исключаю, но он вторичен.