Здесь действительно 4 грамматические основы:
1) удивляет не то, а то;
2) что происходят чудеса;
3) что чудо может произойти;
4) кто начинает читать, рассказывать или слушать.
Удивляет не то, а то - однородные подлежащие. Ваш вопрос говорит о том, что у Вас есть языковая интуиция. Дело в том, что некоторые учёные придерживаются мнения, что вопрос об однородности главных членов очень спорный, так как второй главный член легко восстанавливается и получается, что он тоже как бы существует (нулевая синтаксическая позиция, как нулевое окончание, нулевой суффикс, нулевая связка). Однако в школе придерживаются другого мнения, школьные учебники признают и однородные подлежащие, и однородные сказуемые. В вузе изучают все позиции, там бы пришлось объяснять: такой-то учёный считает, что..., а другой придерживается другого мнения, а я считаю... В школьных заданиях приходится считаться с мнением создателя учебника.