И то и другое верно. Ушаков считает равноправными вариантами, но рядом со словом банкнот есть помета "фин." -значит значит,финансисты финансисты употребляют в муж. роде, а в бытовом -как как купюра, ассигнация -банкнота банкнота. У Зализняка в словаре нет профессионализмов, он даёт парадигму общеупотребительную -банкнота банкнота.В В орфоэпическом словаре тоже две формы.
