И то и другое верно. Ушаков считает равноправными вариантами, но рядом со словом банкнот есть помета "фин." - значит, финансисты употребляют в муж. роде, а в бытовом - как купюра, ассигнация - банкнота. У Зализняка в словаре нет профессионализмов, он даёт парадигму общеупотребительную - банкнота. В орфоэпическом словаре тоже две формы.

http://dic.academic.ru/dic.nsf/dic_forms/2852/%D0

http://www.slovopedia.com/3/193/773013.html