Если позволите, без ссылок, нет сил сейчас искать...
В средние века сложился такой стиль письма, особенно на латыни, слово писалось не отрывая пера или стила от бумаги и только надстрочные знаки вписывались потом. В классической латинице, собственно, такой знак один единственный - точка над i. Многие англичане до сих пор так пишут, только еще букву t верхней чертой перечеркивают вместе с точками над i. И у них бытует поговорка (изначально, кажется, не английская) с аналогичным смыcлом: "перечеркнуть все t".
В переносном смысле это означает: закончить переговоры, согласовать все детали и проч.
