Похоже, что ответ на ваш вопрос хотя бы частично присутствует в материале И.В. Нечаевой Собственные имена людей (антропонимы)
Примечание 1. Составные имена, в которых вторая часть является не индивидуальным прозвищем, а родовым наименованием в форме грамматического приложения, обозначающим отношение именуемого к определенной категории лиц, пишутся через дефис; вторая нарицательная часть пишется со строчной буквы, например: Илья-пророк, Марфа-посадница, Николай-угодник.
От себя добавлю, что в прозвище Человек-паук, по этой логике, как раз использовано родовое наименование "паук", ведь Питер Паркер не единственный "человек-паук". Там, как минимум, есть ещё Моралис и три женщины-паука.
Примечание 2. Условные закрепившиеся перифрастические прозвища, употребляемые вместо имени или фамилии, пишутся обычно с одной прописной в первом слове (и во входящих в прозвище собственных именах). Кавычки применяются факультативно. Примеры: Буревестник революции (о М. Горьком), Железный Феликс (Дзержинский), Железный хромец (Тамерлан), Железная леди (о М. Тэтчер), Желтый император (первый император Китая), Орлеанская дева (Жанна д’Арк), Тушинский вор (Лжедмитрий II), Русская ракета (о фигуристке А.Трусовой) (но: Железная Маска (метонимическое образование – наименование целого по его части) пишется с двумя прописными). Прозвище «Король-солнце» ~ «король-солнце» (Людовик XIV) пишется вариативно – с прописной или со строчной буквы.
Тогда почему Железная леди пишется с одной прописной, а Серебряный Соболь, Чёрная Вдова и Ядовитый Плющ с двумя? Потому что "Железная леди" это описательная конструкция, перифраза. А три остальных случая — это личные псевдонимы. Собственно, ту же логику вы можете применить к "ЧеловекуЧеловеку-пауку"пауку. Он не выбирал себе это имя в качестве псевдонима, а так его окрестили газетчики, создав, по сути, перифрастическое прозвище.
Что касается вашего предположения о том, что
возможно, дело в том, что к прозвищу стыкуются географические названия с родовыми словами ("долина", "деревня"), которые непривычно писать с прописной,
то я соглашусь с тем, что дело, видимо, в привычке. Нет правила, которое бы говорило, что отдельные категории слов внутри прозвищ должны писаться со строчной (кроме тех, что по ссылке). Прозвище на то и имя собственное, чтобы быть абсолютно любым.
P.S. С интересом бы почитал подобный материал на тему прописных букв в именах легендарных животных (Жеводанский Зверь, Ламбтонский червь, лохнесское чудовище и др.)