Надо пытаться проверять подстановкой глаголов быть/являться (здесь не подходит без изменения структуры) либо причастия являющийся:
до конца не являющуюся познанной логику;
до конца являющуюся непознанной логику. || Понятно, что это некорректно.
Как-то так ещё бы сошло:
вконец являющуюся непознанной. || То есть "окончательно", "полностью", а не "до конца".
Непознанный до конца (так люди не говорят) = непознанный аж до самого конца, полностью (ничего не познаннопознано).
Не познанный до конца = тот, который до конца не познали, но познали до какой-то степени.
То есть, как видим, есть большая разница в смысле. Первый (несмотря на то, что люди так не говорят — нарушение стилистики) в данном примере не подходит, потому что очевидно, что логика этого механизма хоть как-то была уже познана.
Для ясности понимания можно "до конца" заменить синонимом "целиком".