Когда говорят "встретимся через две недели", имеют в виду, что после того, как пройдёт вторая неделя (относительно времени, в которое была сказана эта фраза), назначена встреча. Когда говорят "встретимся через вторник" (или любой другой день недели), имеется в виду, когда пройдёт вторник на следующей неделе и наступит на после следующей неделе.
Обычно фразу "встретимся через вторник" говорят во вторник.
И когда говорят "встретимся через две недели", тоже подразумевается, что вторая неделя сначала закончится, ведь мы, говоря так, не имеем в виду, когда пройдет одна неделя, и начнётся новая.