Не могу понять, чем отличаются эти знаки. Они передают разную интонацию? Или запятая и тире ― это просто графически более сильный знак (не знаю, можно ли так сказать).

И есть ли четкие правила для их употребления или хотя бы общие рекомендации?

Кажется, единый знак считается устаревающим, но, может быть, это только для определенных конструкций. Когда он является действительно необходимым или он всегда факультативный?