Выбираем форму двухбункерный. Здесь только количественное значение числа два.
Двурукий человек ― особый биологический вид, число два имеет качественное значение, так как задает другие свойства этого вида.
Розенталь §168. Числительные в составе сложных слов http://evartist.narod.ru/text1/59§168.htm#з_03 Числительные в составе сложных слов
Равноправны варианты сложных слов, в состав которых входит элемент: дву- – двух-, например: двуголосный – двухголосный, двуклассный – двухклассный, двулетний – двухлетний,
Сложные слова двубортный, двуглавый, двугривенный, двуединый, двужильный, двузначный, двузубец, двуколка, двукратный, двуличный, двуперстие, двурогий, двусмысленный, двустопный, двууглекислый, двучлен, двуязычный и некоторые др. не допускают вариантов написания с двух-.
Но основной массив таких сложных слов пишется с элементом двух-: двухатомный, двухгодичный, двухкамерный, двухлетие, двухместный, двухэтажный и др.
Комментарий
Итак, основная масса слов пишется с элементом ДВУХ, но надо всё-таки уточнить по словарю или посмотреть в текстах. В словаре слова нет, но в Сети можно увидеть такое написание: двухбункерная тестоотсадочная машина. Значит, это термин. Форма ДВУХ имеет простое количественное значение.
Форма ДВУ ― книжная, с дополнительным качественным значением. Такой вывод можно сделать при сравнении: двужильный (сильный) человек ― двухжильный/двужильный провод, двулетнее растение (с особыми свойствами) ― двухлетний ребенок.
Нормы могут меняться, поэтому желательно контролировать написание слова по разным источникам.