Возможны различные варианты, в зависимости от контекста. Вот некоторые из них.
Но откуда она взялась? Многих всегда мучал этот вопрос.
Пример из Нацкорпуса:
В то же мгновение он обратил внимание на лопатку, подняв ее, повернул, увидел срез и подумал, что это, должно быть, лопатка Гусева… Откуда она взялась? Эта догадка, разумеется, требовавшая подтверждения, вывела его из состояния, в каком он пребывал после получения письма. [Владимир Богомолов. Момент истины (В августе сорок четвертого...) (1973)]
В то же мгновение он обратил внимание на лопатку, подняв ее, повернул, увидел срез и подумал, что это, должно быть, лопатка Гусева… Откуда она взялась? Эта догадка, разумеется, требовавшая подтверждения, вывела его из состояния, в каком он пребывал после получения письма. [Владимир Богомолов. Момент истины (В августе сорок четвертого...) (1973)]
Но откуда она взялась -― многих всегда мучал этот вопрос.
Пример из Нацкорпуса:
Но откуда она взялась ― вопрос, на который ученые пытались ответить. [Борис Ляпунов. Неоткрытая планета (1963)]
Но откуда она взялась ― вопрос, на который ученые пытались ответить. [Борис Ляпунов. Неоткрытая планета (1963)]
Обратите внимание на то, что "мучал" -― менее употребимая, разговорная форма, "мучил" -― нейтральный вариант.