Запятая не ставится: Церковь была восстановлена как храм.Церковь была восстановлена как храм.
Здесь оборот с союзом КАК имеет значение "в качестве" (нет причинного значения или значения сравнения). Можно
Можно сказать: Церковь была восстановлена в виде (в качестве) храма.
Примечание.: Храмхрам и церковь различаются по предназначению, по количеству куполов и алтарей .
В чём различие между храмом и церковьюВ чём различие между храмом и церковью