Вообще говоря, в местоимениях выделять корень - не самая благодарная задача. Можно говорить о родственности слов, и тут словари помогают (см. Екатерина Каштанова), но искать корень в чистом виде не стоит: такие дебри исторические, а а ценность результата сомнительна. ЛучшеЛучше уж воспринимать как данность, неким самодостаточным иероглифом. Так что в чисто практических целях "кто" лучше считать отдельным корнем. Но никак не "кт", это противоречит и исторической правде, и практической надобности.
