Не надо засорять Великий и Могучий местечковым одесским жаргоном. Читайте хотя бы "Толковый словарьДаже в "Толковом словаре живого великорусского языка" Владимира Даля, изданного в 1882 году. Даже в нём вы, Вы не найдёте употребления этого малограмотного и бессмысленного выражения выражения о двух больших "разницах". Это такая же одесская "хохма", как "четыре большие разницы".
Разница бывает только ОДНА, между чем/кем-то или кем-то. Наверное, кто-то когдачем/кем-то на одесском пляже удивлённо хотел сказать "Какие две большие задницы!", а случайно воскликнул "Какие две большие разницы!". Имелось ввиду сравнение увиденных двух задниц с задницами нормального размера. С тех пор и поползло из Одессы это жаргонное выражение.