Безусловно, во многих проектах заложено импортное оборудование, и это вызывает некоторую рефлексию на рынке, но (запятая) при сохранении текущей ситуации, я думаю, что конъюнктура рынка претерпит значительные изменения и доля отечественного продукта будет расти.
При такой конструкции предложения союз что — лишний.
Правильно:
...но при сохранении текущей ситуации, думаю, конъюнктура рынка претерпит значительные изменения и доля отечественного продукта будет расти.
Лучше, на мой взгляд, перестроить предложение:
...но думаю, что при сохранении текущей ситуации конъюнктура рынка претерпит значительные изменения и доля отечественного продукта будет расти.
