У вас вопрос - о разнице в пунктуации при междометиях и частицах. Общее правило - частицы (и союзы) запятыми не выделяются, междометия - выделяются. Есть некоторые оговорки, я пока опускаю.
Так вот, "ну" может быть междометием или (редко) усилительной частицей.
Поэтому обычно "ну" требует запятых. Но при употреблении для интонационного усиления "ну" уже выполняет роль частицы:
XI. Запятые при междометии
§ 157. Запятыми отделяются междометия эй, ах, о, ох, эх, ну и т. п. (о знаке восклицательном при междометиях см. § 183), например:
...
Нy, коли так, давай скорей чаю да позови дочерей.
Пушкин
...
Примечание. Не являются междометиями и, cледовательно, не отделяются запятыми частицы: о, употребляемая при oбращении, ну, ах, ох и т. п., употребляемые для выражения усилительного оттенка, например:
Ну что ж, Онегин? Ты зеваешь?
Пушкин
...
Ну и денек выдался!
...
http://www.gramota.ru/spravka/rules/?rub=zap&text=19_36
В вашем случае нормально с запятой, но если по контексту понятно, что говорящий использует как усилительную частицу (об этом наверняка знает только автор), то запятая не требуется.
Аналогично и со вторым вопросом:
~1) здесь это утвердительная частица, по функции - то же междометие (сравните "Ага", которое грамматисты причисляют к междометиям), запятая нужна.
~2) здесь это частица усилительная, запятая не требуется.