Чтобы правильно ответить , нужно уточнить для себя, что имеется в виду - период времени, как абстрактное понятие, или период времени, как конкретное понятие. КК примеру: на протяжении нескольких лет и в течении 2011-2012 и 2012-2013 учебных годовНа протяжении нескольких лет. И: В течении 2011-2012 и 2012-2013 учебных годов