Запятыми выделяется всевся конструкция, в которой присутствует "а именно" (как правило это вводное предложение), но сам союз запятыми не выделяется.
Пример: "Хищные животные, а именно лисы, являются главным переносчиками бешенства".
Если после "а именно" идет перечисление, то после союза нужно ставить двоеточие.
Пример: "Он купил угощение к Новому году. А именно: шампанское, конфеты и фрукты"