Сначала о **чудо-юде**. 

Предлагаю: **чудо-юды, чудо-юд, чудо-юдам** и т.д. 

С этим словом и в единстивенном числе не все однозначно. Надо ли его склонять по образцу *фокус-покуса*, *шалтай-болтая* (нарицательное), *пинг-понга, гоголь-моголя* (только вторую часть) - или по образцу собственного *Шалтая-Болтая* (обе части)? 

У меня нет никакой уверенности, что исходно это не имя собственное, хотя и пишется с прописной. К тому же все приведенное - заимствования, слегка, правда, переделанные (Шалтай-Болтай в оригинале Хампти-Дампти). А чудо-юдо оно наше, родное. К тому же первая часть однозначно сохраниа свое семантическое значение и в основно определяет значение всего составного слова.  

Но приняв вариант склонения  склонения обоих частей мы неизбежно сталкивамся с неразрешимой задачей выбора форм множественного.

*Чуды-юды* или *чудеса-юды*? Или вообще *чудеса-юдеса*? 
Я бы из этих вариантов выбрал первый. Смотрится естественнее, но противоречит правилу склонения слова "чудо" (как небо-небеса). И эта новая головная боль.

Кроче, пока и если не будет словарной фиксации предлагаю избавиться от всех пробюлем и выбрать варинт нарицательного шалтай-болтая, пусть и с некоторым волюнтаризмом в принятии сего решения.
Родительный падеж множественного несвободен, но сомнений не вызывает.
Остается вопрос винительного множественного. С некоторыми сомнением предполагаю одушевленный тип. 
Итак:  
И. **чудо-юды**,   
Р. **чудо-юд**,   
Д. **чудо-юдам**,   
В. **чудо-юд**,    
Т. **чудо-юдам**,  
П. **(о) чудо-юдах** 

(Про ягу/Ягу - много сложнее, дам отдельным ответом. Я разделяю ответы, поскольку это два в чем-то похожих, но существенно разных случая, оба предельно дискуссионны - и заслуживают отдельного обсуждения.)