На мой взгляд, правильный выбор зависит от *присутствия* или отсутствия предмета, на ритм звучания (движения) которого ссылаются. **В ритм** или в такт **тому**, что *присутствует*, может производиться другое действие - это о *синхронизации* движения, в технических терминах "по фазе". Если же говорят о сходстве по ритму с движением чего-то в*оображаемого*, то **в ритме** этого (снежинки кружились *в ритме вальса*) - в ритме, свойственном движению или звучанию того, с чем сопоставляют. Технически это сопоставление по "частоте" или темпу. 

В нашем случае по смыслу трудно отнести "стук молота" к общепринятому или понятному всем эталону - стало быть, по контексту этот звук *присутствует*. Соответственно, правилен в свете приведённых рассуждений вариант "**в ритм стуку**" (с точки зрения наблюдателя, своими движениями мышцы "вторят" этому стуку в ритм), или (если не трогать предлог) можно сказать "*вместе со стуком* молота". Книжный пример:

> *– Я должен исполнить свой долг! - **в ритм стуку** сердца и хрусту снега*
> *под ногами твердил он.* (М. Серегин, Пастырь из спецназа, 2019)