Есть масса вариантов пунктуационного оформления. Вариант с выделением "ну" обычными запятыми - корректный, но не самый выразительный. 

Я бы написала так.

***Это я на геометрии, физике, химии, биологии - ну, вы поняли.*** 

Запятая после "ну" тут интонационная больше, чем смысловая. Можно безболезненно убрать, если автор такой интонации не предполагает. 

***Это я на геометрии, физике, химии, биологии - ну вы поняли.*** 

В перовом случае "ну" следует трактовать как междометие, во втором - как частицу. И то, и другое корректно.