Чаще *сучат ногами,* но и коленками, я думаю, тоже можно сучить. Хотя примеров действительно не находится.

На [Грамоте][1] **сучить:**

3. *чем. Разг.* Двигать попеременно взад и вперёд (обычно задевая одним о другое). *С. ножками* (о ребёнке). *С. задними лапами* (о щенке).

>Я понимаю, что деепричастный оборот надо обособить.

Так там же не деепричастный, а ***причастный*** оборот. Определяемое слово *Мария*
после него. Значит, не нужно обособления. Так ведь?

*"После того как"* я бы не стал разбивать, обычно только весь оборот отделяется, если в начале предложения.

Добавлю к ответу вариант со скобками, который позволяет поставить недостающую запятую, закрывающую оборот *"после того как",* да и вообще это замечание лучше заключить в скобки независимо от запятой (мне пришло в голову ещё до комментария Славы):

>После того как едва успевшая добежать до ближайшей рощи Мария избавилась от необходимости сучить коленками, а заодно убедилась, что Юи — точно девочка (в чём она, конечно, не сомневалась, но всё-таки...), обе они повеселели и в храм решили не возвращаться.



  [1]: http://gramota.ru/slovari/dic/?word=%D1%81%D1%83%D1%87%D0%B8%D1%82%D1%8C&all=x