1) На нем даже брюки были неглажеНые (прилагательное). 

На нем даже брюки были не глажены. Стилистическая неточность для причастия, получается: гладить брюки на нем.

2) Стены в доме были непрокрашеННые. Стены в доме были не прокрашены.
Стены в доме были недокрашенные. Стены в доме были не докрашены. Здесь полные и краткие причастия. 

3) Я зашел в комнату и увидел висящие на спинке стула неглажеНые брюки. Прилагательное (Н), нет запятой, неоднородые отношения (причастный оборот перед прилагательным).