Это отнюдь не ругательство. 
Комиссия - хлопоты, затруднения, несчастный случай.
В современном языке это значение используется только иронически (да и то устаревает), раньше было вполне в ходу. У Чехова это сказано с сожалением, но совсем не как ругательство.

У Грибоедова примешивается раздражение, но опять-таки без тени ругательства.

*Что за комиссия, Создатель,  
Быть взрослой дочери отцом!*

Собственно, на этом последнем примере все обычно и знакомятся этим значением.