Сначала о чудо-юде.
Предлагаю: чудо-юды, чудо-юд, чудо-юдам и т.д.
С этим словом и в единстивенном числе не все однозначно. Надо ли его склонять по образцу фокус-покуса, шалтай-болтая (нарицательное), пинг-понга, гоголь-моголя (только вторую часть) - или по образцу собственного Шалтая-Болтая (обе части)?
У меня нет никакой уверенности, что исходно это не имя собственное, хотя и пишется не с прописной. К тому же все приведенное - заимствования, слегка, правда, переделанные (Шалтай-Болтай в оригинале Хампти-Дампти). А чудо-юдо оно наше, родное. К тому же первая часть однозначно сохранила свое семантическое значение и в основном определяет значение всего составного слова.
Но приняв вариант склонения обеих частей мы неизбежно сталкиваемся с неразрешимой задачей выбора форм множественного.
Чуды-юды или чудеса-юды? Или вообще чудеса-юдеса? Я бы из этих вариантов выбрал первый. Смотрится естественнее, но противоречит правилу склонения слова "чудо" (как небо-небеса). И эта новая головная боль.
Кроче, пока и если не будет словарной фиксации предлагаю избавиться от всех пробюлем и выбрать варинт нарицательного шалтай-болтая, пусть и с некоторым волюнтаризмом в принятии сего решения.
Родительный падеж множественного несвободен, но сомнений не вызывает.
Остается вопрос винительного множественного. С некоторыми сомнением предполагаю одушевленный тип.
Итак:
И. чудо-юды,
Р. чудо-юд,
Д. чудо-юдам,
В. чудо-юд,
Т. чудо-юдам,
П. (о) чудо-юдах
(Про ягу/Ягу - много сложнее, дам отдельным ответом. Я разделяю ответы, поскольку это два в чем-то похожих, но существенно разных случая, оба предельно дискуссионны - и заслуживают отдельного обсуждения.)