Эти все запятые нужны, не так ли?
Котёнок — кот или кошка(,) определяется старым, проверенным способом.
Как я это сделал(,) есть секрет.
Почему он не придёт(,) остаётся загадкой.
Когда он приехал(,) не является здесь-таки вопросом.
(1) Котенок — кот или кошка, — определяется старым, проверенным способом.
(2) Как я это сделал, — (у меня) есть секрет.
(3) Почему он не придет — остается загадкой.
(4) Когда он приехал — сейчас не вопрос.
Пояснение
Во всех примерах изъяснительная часть в препозиции, поэтому нужен сильный знак.
В предложениях (1) и (2) используется единый знак: тире недостаточно из-за осложненности конструкции.
Обычное отделение придаточного от главной:
Котёнок — кот или кошка, определяется старым, проверенным способом;
Почему он не придёт, остаётся загадкой;
Когда он приехал, не является здесь-таки вопросом.
Пауза перед главной частью:
Котёнок — кот или кошка — определяется старым, проверенным способом;
Почему он не придёт — остаётся загадкой;
Когда он приехал — не является здесь-таки вопросом.
А вот в последнем связка есть, перед которой тире обычно не требуется, а запятая не нужна:
Как я это сделал есть секрет.
Пауза перед сказуемым:
Как я это сделал — есть секрет.