Я не знал, что оливки на самом деле фрукт.
Или на самом деле заменяет тире?
• "Куда тире ставить?"
Ответ: я думаю, что никуда.
• "Или на самом деле заменяет тире?"
Ответ: сочетание на самом деле (в значении в действительности, фактически) тире не заменяет, оно просто относится к сказуемому "фрукт". Именно поэтому тире и не ставится.
Примечание. Обычно тире не ставится: <...>
4) если между подлежащим и сказуемым стоит вводное слово, иногда — наречие, союз, частица...
5) если перед сказуемым стоит относящийся к нему второстепенный член предложения...
Правильно: Я не знал, что оливки на самом деле фрукт.
Вот образец постановки тире (между подлежащим и сказуемым ничего нет):
Я не знал, что любовь — зараза,
Я не знал, что любовь — чума.
Подошла и прищуренным глазом
Хулигана с ума свела.
Сергей Есенин
Тире между подлежащим и сказуемым (Розенталь)
Возможны варианты:
(1) Я не знал, / что оливки / на самом деле фрУкт.
(2) Я не знал, / что олИвки // — на самом деле фрУкт.
Постановка тире зависит от наличия паузы и расстановки ударений.
Также в качестве варианта:
(3) Я не знал, / что оливки на сАмом деле // — растущий на деревьях фрУкт.
Примечание. Предложение (2) в плане интонационного равновесия делится фактически на две фразы. Предложение (3) нужно дополнительно распространить, чтобы отнести "на самом деле" к подлежащему.