— Он опять это сделал.
— В смысле («)опять(»)?
• Чуть-чуть правил (Знаки препинания при диалоге):
5. Если в последующей реплике повторяются слова из предыдущей реплики, принадлежащей другому лицу, причем они воспринимаются как чужой текст, то эти слова выделяются кавычками:
а) Купавина. Ах, это смешно наконец. Зачем юристом, когда ничего нет.
Лыняев. Как «ничего»?
Купавина. Так, ничего, чистая бумага (Остр.)...
• Немного о значении:
при постановке вопроса сочетание в смысле используется в качестве наречия. В этом случае оно имеет значение "зачем?", "с какой стати?, "почему?".
• Я бы поставила кавычки:
— Он опять это сделал.
— В смысле «опять»? [Что значит «опять»?]
• А еще можно дополнительно поставить тире — для обозначения паузы от удивления или растерянности.
— Он опять это сделал.
— В смысле — «опять»?