Если разбирать только пунктуацию, то предложение надо оформить по второму варианту:
Когда ты завтра — можешь приехать когда хочешь, кроме как в 13-м часу, — приедешь и сколько ты денег отдашь?
Сочетание кроме как используется здесь в качестве ограничительного союза, поэтому после "часу" нужна запятая, закрывающая оборот.
"Когда захочешь" имеет в этом предложении значение "в любое время".
Смысл воспринимается не сразу, приходится разбираться, что к чему относится: "когда ты завтра можешь приехать" и "когда ты завтра приедешь".
Я бы написала так:
Когда ты завтра приедешь — приезжай когда хочешь, кроме как в 13-м часу, — и сколько ты денег отдашь?
Вставные предложения и словосочетания
P. S. Из текста вопроса: Я думаю, что вар. 2 прав, а 1-й – ложн.
Вариант не может быть прав.
Обычно если в одном прилагательном используется наращение, то и в другом тоже.