Я думаю, что частотность. Когда ‟не” начинает употребляеться с качественным прилагательным в утверждениях без противоречия некому утверждению в контексте, которое высказывается напрямую или подразумевается, то часто не совсем ясно, отрицается ли здесь наличие характеристики или утверждается противоположная. И если ‟не” с какими-то словами употреблялось очень часто, то в восприятии побеждал вариант с утверждением противоположной характеристики. Эту проблему можно было решить при формировании языка, введя приставку (отличную от ‟не”) или приставки, которые бы обозначали противоположную характеристику, тогда бы люди знали, что когда ‟не”, то отрицается характеристика, а когда другая приставка или приставки, то утверждается противоположная характеристика.