Смысловая разница у предложений указана в комментариях:
Он сейчас бегает. // Не подразумевает направленности, а лишь фокусируется на процессе
Он сейчас бежит. // Из пункта А в пункт Б
Он сейчас летает. // Не подразумевает направленности, а лишь фокусируется на процессе
Он сейчас летит. // Из пункта А в пункт Б
Он сейчас плавает. // Не подразумевает направленности, а лишь фокусируется на процессе
Он сейчас плывет. // Из пункта А в пункт Б
Любопытно, как один и тот же по смыслу глагол разделился (морфологически) по какому-то критерию. Это, видимо, произошло потому, что русский язык беден на времена, и то что в английском языке выражается временем, здесь пришлось выражать другим глаголом. Я специально сказал по какому-то, потому что хочу поискать похожее грамматическое разделение среди других глаголов, по какому-угодно критерию, по каким угодно лексемам (но не по приставкам).
PS Кстати, я только что открыл, что так называемая группа глаголов движения, на самом деле не ограничивается глаголами движения. Например
Избежи этого
Избеги этого.
Избегай этого
Избегни этого.
Тут для начала нужно составить список всех таких глаголов и посмотреть, есть ли там избыточность (как у истинных глаголов движения).