Почему «е» это [йэ], если звук «е» и звук «э» разные?

Question

Буква «е» обозначается [йэ], как будто после [й] идет идентичный «э» звук [э]. Но если попробовать протяжно петь «еееее» и «эээээ», то звук получается разный. Даже органы, которые воспроизводят звук будут напряжены во время «еееее» одним образом, а во время «эээээ» другим. Не значит ли это, что это разные звуки? Почему тогда такая транскрипция? Или это символ такой же как дифференциал «dx», который состоит из двух неразрывно связанных символов?