В принципе здесь возможны оба решения, но я бы поставила запятую.
1. Пояснение
(1) Так как оплата прошла через приложение, (2) нам потребуется помощь технической поддержки, (3) и мы не можем прямо сейчас вернуть баллы.
В этом случае у нас два сообщения: причина задержки (нужна техническая помощь) и следствие из ситуации (из-за этого не можем вернуть деньги сразу).
Тогда предложения (1) и (2) составляют СПП с придаточным причины, причем придаточное стоит на первом месте. А это означает бОльшую взаимообусловленность главного и придаточного предложений (они как бы теснее связаны).
Также простые предложения (2) и (3) по грамматике неоднородны (формы глаголов разные, будущее и настоящее время).
2. Как еще проверить вариант решения? Попробуем для этого использовать подчинительную и бессоюзную связь с наречием "поэтому".
Это ответ на заданный вопрос: Вы можете вернуть мне баллы?
Так как оплата прошла через приложение, то нам потребуется помощь технической поддержки, поэтому мы не можем прямо сейчас вернуть баллы. Здесь общим следствием является предложение (3).
