Должно быть так:
В романе ‟Евгений Онегин” присутствуют...
Моя любимая книга — ‟Евгений Онегин”.
Читая книгу, ‟Евгений Онегин”, он вспомнил молодость.
Я приведу в пример другой роман: ‟Евгений Онегин”. (Здесь ставится тири по, если так можно сказать, официальным правилам, но должно ставится двоеточие.)
В этом последнем предложении интонация такая же, как и при перечислении или двоеточии при бессоюзной связи. У правил пунктуации должны быть отчётливые единые принципы постановки знаков для определённых ситуаций, при одинаковой интонации должен ставится один и тот же знак, — всё это нужно, чтобы люди ставили знаки, не задумываясь, чтобы они понимали то, какой знак нужно ставить в уникальных ситуациях.
То, что лингвисты за сотню лет не исправили такой простой момент, говорит многое о них.